Фильм начинается с конца. Существо по имени Мегамозг с синей кожей, худым телосложением и яйцевидной головой падает вниз, в это время решая поведать зрителям свою историю с самого начала. В довольно ироничной и экспрессивной манере Мегамозг рассказывает о своей жизни: как в возрасте 8 дней стал жить без родителей, как открыл свои суперспособности и решил быть злодеем, как хулиганил в школе, как началась его вражда с другим будущим супергероем – храбрым защитником города Метро-сити Метро-мэном и так далее.
Нужно отметить, что Мегамозг, по сути, – неудачник. Всякий раз в его гениальные разрушительные планы вмешивается Метро-мэн, и синий злодей вынужден снова и снова отправляться за решетку. Но вот однажды случается так, что лузер Мегамозг таки побеждает Метро-мэна, более того – убивает его. Становится властелином города, но теряет смысл жизни: с кем же ему теперь бороться, кто будет защищать население от его коварных умыслов?!
Безнадежно влюбившись в красивую тележурналистку, находясь в отчаянии и депрессии, одинокий злой гений решает сотворить нового супергероя-защитника Титана по образцу ДНК погибшего Метро-мэна. Казалось бы, решение проблемы найдено, но не все так просто: новосозданного героя больше привлекает дорожка зла и теперь не поздоровится всем, даже Мегамозгу, которому придется делать сложный выбор между своей злой сущностью и спасением города и любимой.
Замечательный поучительный мультик со счастливым концом. Быть ему посредственностью, конечно, если бы не харизматичные, ярко прописанные характеры героев и лихие повороты сюжета. Можно сказать, что Мегамозг – современная вариация на тему "что такое хорошо и что такое плохо". Картина ненавязчиво вкладывает в голову детишек, что хорошие парни получают девушку, друзей и обожателей - буквально берут от жизни все лучшее, а плохим парням приходится несладко в этом мире.