За 15 лет работы в агентстве «Люди в черном» Джей успел уже насмотреться на всякие диковинки. Инопланетяне начали его утомлять не меньше молчаливого, а иногда излишне язвительного партнера. Но когда жизни Кея (а заодно и всей планете) начинает угрожать опасность, агент Джей решает отправиться в прошлое, чтобы исправить ситуацию.
Агент узнает, что во многие секреты вселенной его наставник так и не счел необходимым его посвятить. Джею и молодому Кею (Джош Бролин) придется раскрывать эти секреты заново, ведь на карте стоит судьба одного из них, репутация агентства и будущее всего человечества!